集菌儀是集菌培育器的配套運用儀器，經過集菌儀的定向活動加壓作用，口罩被過濾并在濾器內進行培育，以查驗口罩是否含菌。檢測口罩進程：口罩經過進樣管道連續被注入集菌培育器中，使用集菌培育器內構成的下壓，經過0.45微米孔徑的濾膜過濾，口罩中可能存在的微生物被截留搜集在濾膜上，經過沖刷濾膜除掉口罩的抑菌成分。然后把所需培育基經過進樣管道直接注入集菌培育器中，放置規則的溫度培育，調查是否有長菌現象。廣泛適用于打針用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌打針用水等，也可用于食物、飲料職業等微生物限度查看。
微生物限度檢驗的集菌儀（反復使用培養器）SOP純化水、注射用水、上清液、口服液等的薄膜過濾方法
  1.取濾膜（直徑50mm）N張，浸泡在純化水里約5分鐘
  2.用鑷子取出濾膜，平貼在不銹鋼網片上，將不銹鋼網片放入不銹鋼底
座里，放入墊片和O型圈，將螺蓋和杯體蓋緊組裝成一套完整的全封閉過濾培養器。
  3.滅菌，用牛皮紙將組裝好的培養器包好，放入高壓濕熱滅菌鍋里進行滅菌（按照2005年中國藥典）的規定進行滅菌。
  4.取滅菌好的培養器至微生物限度檢定室，進行集菌過濾。
  5.打開配置好的固體培養基，將集菌好的濾膜平貼在培養基上（濾膜上不可以有氣泡產生）。
  6.按照中國藥典的規定進行培養。
注意：
  1.液層高度的控制方法：取下濾器頂部膠帽，向濾器內泵入沖洗液，沖洗液至適宜高度時，套上膠帽
  2.沖洗時，若出現濾膜上無液層覆蓋現象，說明濾器內氣壓過高，取下膠帽放氣，然后套上。
  3.應保持雙芯針頭空氣過濾器內濾膜的干燥，可確保氣流暢通。
  4.根據樣品性狀，控制集菌儀適宜轉速，以進液管不出現氣泡為宜。若進液管出現氣泡，降低轉速即可避免，否則應檢查針頭是否被堵塞。
  5.為便于操作，推薦選用帶膠塞的500ml玻璃瓶作稀釋容器
  6.未盡事宜請參照《中國藥典》附錄“無菌檢查法和微生物限度檢查法”章節